雾隐小学校一年级四年级的学生雾隐小太郎住在宁静的青空镇的忍者宅邸里。他是拥有 400 多年历史的忍者雾隐流派的继承人。今天，当小太郎试图偷偷溜出训练去玩耍时，他与他的父亲藤兵卫发生了争吵。然而，当托比扔出炸弹时，他意外地摧毁了藏有悟空的巨石，悟空是阴谋统治整个宇宙的魔界黑暗之王。复活的悟空亚克试图将人类世界变成大魔界，但守护地球的光之战士艾尔德兰牺牲了自己的生命，重新封印了悟空亚克。然而，悟空却抓住了被封印前的空隙，将黑暗魔导士亚米诺留斯三世送到了人类世界。在放学回家的路上，小太郎和他的朋友风祭贵介和流崎力也偶然遇到了巨型机器人 Ganbaruger。在艾尔多兰的请求下，三人成为了“奇迹忍者钢巴队”，身穿钢巴套装并拥有超自然力量的超级英雄。他们被迫与被 Yaminorius 从大魔界召唤来的恶魔生物 Makaiju 战斗，但他们被 Yaminorius 诅咒，如果他们的真实身份被发现，他们就会变成狗。于是，在被诅咒变成狗的藤兵卫（冈）的帮助下，小太郎和他的朋友们过上了小学生和秘密英雄的双重生活。据说，雾隐村先祖所写的记载着魔界秘密的卷轴被附近的猪猫偷走了，其中还记载着如何打破两大魔王悟空亚克兄弟的封印的信息。在与布塔内科 (Butaneko) 和亚米诺留斯 (Yaminorius) 争夺卷轴的战斗结束后，三大魔王 Gokuark、Letharg 和 Saiark 终于复活了……

本片由三段互无关联的故事组成。《她的回忆》：2092年，由伊瓦诺夫领导的太空垃圾回收飞船在返航途中接收到来自“宇宙坟场”的求救信号，特殊的是，信号中掺杂着歌剧《蝴蝶夫人》的唱段。队员汉兹与米格尔前往施救，却进入了一位歌剧演员艾娃的回忆，这些栩栩如生的回忆场景对船员们产生了威胁；《最臭兵器》：供职于制药公司的小职员田中信男拖着病体赶回公司，无意中服用了公司与军方合作的实验药品。自此信男成为了制造致命臭气的肉身工厂，对此毫不自知的信男却按照上司命令将药品样本送往东京总部，一路上引起大面积恐慌，军方不得不派出大批军队半路截杀信男；《大炮之街》：在一座由蒸汽驱动的城市中，一家三口展开了一天的生活。母亲去制造炮弹的工厂上班，父亲在炮台担任装填手，小儿子在学校里学习与大炮相关的知识。炮台不停开炮，但敌人的身影却始终没有出现……

司徒王允设下连环计，赚得吕布杀死董卓。而各路诸侯经过前期的攻伐兼并，此消彼长，慢慢形成了几个主要的军事集团。曹操孟德（渡哲也配音）率先进入残破的洛阳迎接汉献帝（佐藤浩之配音），从而以丞相身份挟天子以令诸侯，其麾下文有荀彧，武有夏侯惇，可谓良才如云。长江以南，孙权（柴田秀胜配音）结果兄长孙策的权杖，建立起割据一方的东吴政权。与此同时，相对弱小的刘备（あおい輝彦配音）听从诸葛亮（山口崇配音）的建议在蜀地形成自己的一方势力。三国鼎立的局面即将形成，而孙刘两家还将迎来曹操大军的进攻，这正是名垂青史的赤壁之战……

东汉末年，世道离乱，十常侍祸乱后宫，危及朝廷，娃娃皇帝接连遇害，外戚只手遮天，专权其上。西凉军阀董卓（滝口顺平配音）趁机入主洛阳，戕害大臣，其义子吕布奉先（津嘉山正種配音）更是以一当百的军神。在外则有张角（乡里大辅配音）领导的黄巾军打着“苍天已死，黄天当立，岁在甲子，天下大吉”的旗帜掀起农民起义。世道离乱，群雄逐鹿。中山靖王之后刘备（あおい輝彦配音）在命运的感召下，与关羽（青野武配音）、张飞（石田太郎配音）相逢，最终桃园三结义，加入了群雄争霸的浪潮。曹操（渡哲也配音）、袁绍、袁术、公孙瓒等各路豪杰相继登上历史舞台，从而拉开了三国争霸的序幕……