時瀬高中箏曲社面臨廢社危機。變成孤身一人的社長身邊，突然來了一位不良少年及其友人，緊接著還有一位古箏天才少女。各自不同的古箏之音，編織出一曲青春學園物語―

　　国立爱丽丝研究机关学园本部不同于一般的学园，只招收具备特殊能力的学生，这种能力被称之为“爱丽丝”。因为好友今井萤（钉宫理惠 配音）转学从乡间来到了城里的爱丽丝学园，无论如何也不想和萤分开的佐仓蜜柑（植村加奈 配音）因此离家出走，跟随萤来到了学园。但没有超能力的她根本无法进入，被学院老师鸣海先生（石田彰 配音）救助后，意外地开发了蜜柑的超能力，于是，机缘巧合下，蜜柑也进入了爱丽丝学园，达成了她和萤在一起的愿望。　　新学校的生活有喜有忧。蜜柑所具备的超能力被同学嗤笑为最无用能力，和其搭档的又是问题少年日向枣（朴璐美 配音），不能见相依为命的爷爷，在各种挫折困难面前，蜜柑依然乐观应对，逐渐赢得了大家的喜欢，也收获了和枣的爱情，但前路依旧有各种困难在等着他们……

无论什么方面都很普通的少女日塔奈美假扮成不上学少女来到学校，却发现学校满是怪人。超乐观少女风浦可符香无论看什么都乐观积极；一板一眼死硬派少女木津千里在“不上学少女为何来学校”这一点与奈美纠缠不清；连班主任糸色望都不上课，忙着自杀。一直认为“普通这个词肯定不是好话”的普通少女奈美，在教室中反倒成了另类。的确，在被称为“绝望先生”的超消极老师糸色望的带领下，2年へ班全体32人都是有一点儿不正常的人。口头禅是“绝望了！对xx的世界觉悟了”的望，与学生们一起生活的爆笑校园喜剧就这样再次开始了。

作为一个四年前从学校退学之后就一直靠啃老来过活的死宅男佐藤达广（小泉豊配音）来说，今天也是家里蹲的一天。突然间，一阵敲门声打破了他的日常妄想。打开门，出现在门口的美少女让佐藤简直不敢相信自己的眼睛，而美少女说出的话也让佐藤吃惊的说不出话来。原来，少女名叫中原岬（牧野由依配音），自称是“日本废柴协会”的成员，而她此行到来的目的，正是帮助佐藤重新振作，脱离废柴的行列。一直住在隔壁的动漫美少女控山崎薰（坂口大助配音）也是协会的一员？进入协会的首要任务就是制作H游戏？口口声声要帮助自己的中原自己也是一个只有靠帮助他人才能找到存在感的废柴？诸多事件的发生让佐藤渐渐开始怀疑，这个所谓的协会，很有可能是一个阴谋。

故事描述女主角小樱（木之本樱）与男朋友小狼（李小狼）和其他同学从小学毕业后升上初中的故事。在一次小樱做梦梦到53张樱之卡上面的图案都消失了，一名神秘人物出现之后库洛牌都碎掉了，小樱从这个梦醒来翻开封印之书发现库洛牌都变成透明的了!在与知世、小狼和艾力欧的讨论下，小樱重新踏上了收集透明牌的故事。